在做菜上大都以木鱼花汤为主，渔人码头料理，极少使用水。因此，日菜的烹调木鱼花汤是很重要的，就如同中餐的鸡汤，西餐的牛肉汤一样重要。所以高级菜都是用木鱼花汤和清酒为主，日本料理，而且清酒的使用量也是很大的。
日菜使用的酱油有三种，即淡口、浓口、重口。淡口即色浅一点，浓口即一般酱油，重口颜色深而口味上甜一点。
在菜的口味上，小酒菜以甜、咸、酸为主，日本料理店，汤菜以清淡为主，菜量少而精。
有人曾评价说：西方饮食最重营养；日本饮食最重外观；中国饮食最重口味，所以和中国饮食比较起来日本料理偏向清淡，部份人认为牺牲食品的香和味，部分人则认为呈现出食物本身的味道。日本料理一般的量并不大，餐具古朴而小巧，海蟹虽然是主要菜肴，日本料理哪家好，但在各个著名餐馆的菜式中，只能见到蟹的前螯，其它部位据说因没有好的外观，只能做成蟹肉末入菜。
日本料理其中一项特色是生食，任何食物如：鲔鱼、鲑鱼、河豚、章鱼、牛肉、鸡、鸡蛋都可以生食入菜。
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